Application de la méthode de cross-linking mass spectrometry à l'étude de deux sous-types de protéasome

Details

Supervisors

Vertommen, Didier ; Vigneron, Nathalie

Degree label

Master [120] en sciences biomédicales, à finalité approfondie

Abstract

Les complexes protéiques jouent des rôles dans de nombreuses fonctions cellulaires et leur structure est parfois bien établie notamment grâce aux récentes avancées technologiques. Le protéasome, dont la structure est très bien connue, joue un rôle important dans la protéolyse et il en existe de plusieurs sous-types ayant des compositions et des activités catalytiques différentes. La méthode de Cross-linking Mass Spectrometry (XL-MS) permet l’identification en spectrométrie de masse des résidus qui interagissent entre eux. L’objectif de ce mémoire est de mettre au point les paramètres de la méthode XL-MS sur le protéasome comme modèle de complexe protéique, car sa structure est bien établie, et de l’appliquer à une lignée de cellules traitées à l’interféron gamma. Tout d’abord nous avons validé les deux lignées cellulaires produisant les deux sous-types de protéasome afin de vérifier si elles produisaient bien de manière abondante les sous-unités catalytiques des protéasomes attendus. Nous avons analysé le protéome total de ces lignées et nous avons effectué un marquage TMT afin de comparer les abondances protéiques entre ces deux lignées. Les sous-unités spécifiques de chaque protéasome sont bien exprimées dans la lignée cellulaire spécifique. Nous avons ensuite mis au point l’ immunoprécipitation des protéasomes cross-linkés, que nous avons analysés en spectrométrie de masse. Différents cross-links ont été identifiés et la majorité d’entre eux étaient cohérents et reproductibles. Nous avons ensuite mis au point la quantification relative des cross-links par marquage TMT, cela fonctionne bien pour les différences d’abondance élevée et moins pour les faibles variations de cross-links. Après nous avons comparé les cross-links entre le protéasome standard et l’immunoprotéasome dans un modèle dynamique de permutation ce qui permettra à l’avenir de valider notre méthode.