La glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase comme outil pour étudier les relations évolutives entre les différents membres de l'ordre des kinetoplastida

Details

Supervisors

Michels, Paul

Faculty

Faculté de médecine et médecine dentaire

Degree label

Mémoire de licence en technologie biomédicale

Abstract

La séquence du gène codant pour la GAPDH glycosomale de phytomonas que nous avons obtenue au cours de ce travail nous a permis de déduire la séquence d’acides aminés que nous avons comparée à celle d’autres kinetoplastida. Cela nous a permis de constater que phytomonas présentait plus d’homologie avec le genre leishmania qu’avec le genre trypanosoma. Nous nous sommes attardé sur chaque domaine important de cette enzyme ; les résidus importants du site de fixation au cofacteur, du site actif, ainsi que ceux de la boucle S, responsable de la liaison entre les différentes sous-unités, sont très conservées chez tous les kinetoplastida étudiés, y compris phytomonas. Les insertions caractéristique des GAPDHs glycosomales sont également présentes chez phytomonas et sont par ailleurs assez semblables à celles des autres parasites. Par contre, en ce qui concerne les acides aminés chargés positivement, nous avons été surpris de découvrir que phytomonas présentait une charge nette nulle. C’est en contradiction avec l’hypothèse avancée jusqu'à présent qui suggérait que les charges positives des enzymes glycosomales compensaient les charges négatives des intermédiaire de la glycolyse. Selon cette hypothèse, phytomonas, un parasite capable de soutenir un flux glycolytique particulièrement élevé, aurait dû avoir une charge nette positive, ce qui n’est pas le cas. Nous avons enfin constaté chez phytomonas la présence d’un signal AKL C-terminal qui serait responsable de l’importation dans les glycosomes, semblable à celui des autres kinetoplastida étudiés. Finalement, phytomonas a été inclus dans une analyse évolutive. L’arbre phylogénétique construit à partir de l’alignement des séquences de GAPDHs de plusieurs organismes nous a confirmé que phytomonas était plus proche de leishmania que d’autres genres. Les résultats obtenus présentent des similitudes avec les arbres phylogénétiques construits à partir des séquences d’ARN ribosomaux, ce qui nous permet de dire que la GAPDHs est un bon outil pour établir des relations évolutives entre les différents membres des kinetoplastida. Nous n’avons pas trouvé de gène codant pour la GAPDHs glycosomale chez cruzella marina, cela pourrait signifier que ce parasite s’est séparé très tôt du tronc de l’arbre, avant l’apparition des glycosomes, ce qui expliquerait l’absence de l’enzymes glycosomale. Nous ne pouvons cependant rien conclure, car il nous faut d’abord exclure tout problème technique.