Impact de l’apport de fumier d’un élevage traité aux antibiotiques sur la résistance bactérienne dans les sols

Details

Supervisors

Mahillon, Jacques

Faculty

Faculté des sciences

Degree label

Master [120] en biologie des organismes et écologie, à finalité approfondie

Abstract

La résistance aux antibiotiques a drastiquement augmenté au sein des communautés bactériennes ces dernières années. Les antibiotiques sont utilisés non seulement dans le traitement des maladies bactériennes animales et humaines, mais aussi de manière prophylactique chez les animaux de ferme. Le fumier issu de ces élevages est répandu sur les champs pour les fertiliser. Cette application peut potentiellement conduire à (i) l'introduction d'espèces de bactéries résistantes dans les sols, (ii) la dispersion de gènes de résistances dans les communautés bactériennes du sol et (iii) l'importation d'antibiotiques dans les sols. Ce mémoire s’inscrit dans le cadre du projet AMRESMAN, qui étudie l’impact de l’utilisation des antibiotiques dans la filière animale, depuis l’administration au bétail jusqu’à la récolte des plantes amendées. Dans ce travail, l’impact de l’épandage de fumier issu d’une ferme élevant des veaux traités aux antibiotiques sur les bactéries du sol est étudié. La résistance aux antibiotiques doxycycline, lincomycine, sulfadiazine et oxytétracycline est évaluée de manière quantitative (avant, pendant et après épandage) et qualitative (ARN 16S) dans trois milieux de culture différents. L’épandage de fumier dans le sol entraine une hausse générale des bactéries, résistantes et non, aux antibiotiques. La doxycycline est l’antibiotique imposant la plus forte pression de sélection sur les bactéries du sol et la sulfadiazine est celui imposant la plus faible pression de sélection. Certaines souches bactériennes pathogènes (ou possédant une proximité avec des espèces pathogènes) prélevées dans le sol au moment et après l’épandage ont des résistances aux antibiotiques utilisés pour le traitement des maladies associées. Ainsi, deux souches d’Enterococcus doxycycline-résistantes, une souche de Corynebacterium lincomycine-résistante, une souche de Brucella gallinifaecis doxycycline-résistante et une souche d’Alcaligenes faecalis oxytétracycline-résistante ont été identifiées dans les échantillons de sol. Ces résultats montrent l’importance de suivre l’évolution de la résistance dans les communautés bactériennes du sol et d’en tenir compte dans la réglementation et l’utilisation des antibiotiques dans la filière animale.