Caractérisation de l’activité antagoniste de Bacillus mycoides contre Zymoseptoria tritici

Details

Supervisors

Mahillon, Jacques

Faculty

Faculté des bioingénieurs

Degree label

Master [120] : bioingénieur en sciences agronomiques, à finalité spécialisée

Abstract

Le blé est la céréale la plus produite en Europe et en Belgique. Cependant, cette plante est sujette à de nombreuses maladies fongiques, engendrant des pertes de rendements à hauteur de 18% chaque année en Wallonie. Parmi ces maladies, la septoriose du blé, causée par le champignon ascomycète Zymoseptoria tritici est la plus importante économiquement parlant. Pour lutter contre ces maladies, nos modes de production actuels impliquent une grande utilisation de produits fongicides chimiques de synthèse. L’efficacité de ces produits est contrebalancée par la série de problèmes que leur pulvérisation engendre et qui mènent à l’interdiction d’utilisation de plusieurs composés chaque année en UE et créent un réel besoin d’alternatives durables. Ce contexte a mené à la mise sur pied en Wallonie du projet ANTAGONIST, au sein duquel ce mémoire de fin d’études a pris place. Ce projet a pour vocation de développer de nouvelles stratégies de protection des céréales en tirant parti des relations d’antagonisme existant entre certains microorganismes et les champignons pathogènes des cultures de céréales afin de limiter la dépendance du monde agricole aux produits phytosanitaires issus de la chimie de synthèse. L’objectif de ce mémoire était d’identifier, de quantifier et de caractériser l’activité antagoniste exprimée à l’encontre de Z. tritici par l’espèce Bacillus mycoides, un membre assez méconnu du groupe des B. cereus. Pour ce faire, un screening de l’activité antagoniste de nombreuses souches de B. mycoides a été réalisé et a conduit à la sélection de 30 souches bactériennes actives ou potentiellement actives contre le pathogène. L’activité antagoniste de ces souches a ensuite été quantifiée, ce qui a permis de mettre en évidence des différences d’activité existant entre ces dernières. Ensuite, La caractérisation de l’activité antagoniste s’est faite via trois méthodes. Tout d’abord, des PCR ont permis de rendre compte de l’absence relative de gènes codant pour des molécules communément impliquées dans l’antagonisme des champignons par le genre Bacillus. Ensuite différents milieux discriminants ont aidé à la détection de diverses activités enzymatiques et de sidérophores, pouvant expliquer en partie le caractère antifongique observé. Enfin, le surnageant provenant de culture de B. mycoides a été concentré afin de confirmer l’hypothèse selon laquelle B. mycoides synthétise bien des composés antifongiques solubles. Ce travail a permis d’en apprendre plus sur le potentiel de B. mycoides dans le biocontrôle de la septoriose du blé. Ce mémoire ouvre de nombreuses voies de recherche visant à mieux comprendre la nature de l’antagonisme observé contre Z. tritici et à investiguer la place de B. mycoides dans l’écosystème des cultures de blé en vue d’utiliser son potentiel pour des applications dans la protection de cette céréale.