Diversité de la réponse à l'antagonisme bactérien de plusieurs isolats de la population wallonne de Phytophthora infestans

Details

Supervisors

Legrève, Anne ; Le Vourch, Vivien

Faculty

Faculté des bioingénieurs

Degree label

Master [120] : bioingénieur en sciences agronomiques, à finalité spécialisée

Abstract

La pomme de terre (Solanum tuberosum) est l’une des cultures les plus importantes au niveau mondial, mais aussi en Belgique, premier exportateur de produits à base de pomme de terre. Elle est en effet majoritairement destinée à l’industrie agroalimentaire. Cette culture est sujette à de nombreuses maladies et principalement au mildiou causé par Phytophthora infestans. Cet oomycète hétérothallique a été responsable de la grande famine en Irlande au milieu du XIXe siècle mais cause encore de graves dégâts. La grande diversité génétique au sein des populations européennes lui confère une adaptabilité et une diversité de caractères phénotypiques telles qu’il demeure encore aujourd’hui le principal défi dans la lutte phytosanitaire de cette culture. La capacité d'évolution rapide de P. infestans et sa dispersion aisée par le vent ou les échanges commerciaux entraînent l'émergence de nouveaux génotypes au sein de ses lignées clonales caractérisées par des phénotypes divergents. En raison de la pression qu’exerce le mildiou sur le rendement et la qualité des cultures de pomme de terre, le nombre de pulvérisations de fongicides y est le plus élevé par surface agricole. Le projet Potato Smart dans lequel s’inscrit ce mémoire, vise à réduire le nombre d’applications en développant un outil d’aide à la décision plus précis pour les agriculteurs. Un deuxième objectif est d’étudier l’effet antagoniste de bactéries isolées en Belgique et caractérisées comme des agents potentiels de biocontrôle, afin de développer des alternatives directes aux produits chimiques de synthèse actuellement utilisés et néfastes tant pour l’homme que pour l’environnement Cette recherche a pour objet principal de comparer les réponses de plusieurs isolats de P. infestans issus de cinq génotypes différents confrontés à un panel de souches bactériennes antagonistes isolées en Belgique et appartenant aux genres Bacillus, Pseudomonas, Paenibacillus et Pantoea. Afin d'obtenir une vision exhaustive de l'effet antagoniste des bactéries et des réponses liées à la sensibilité des isolats de P. infestans, des confrontations directes sur milieux PDA et V8 sont réalisées et une étude de l'inhibition de la germination directe des sporanges par ces mêmes bactéries est effectuée. Les résultats obtenus mettent en évidence des différences de sensibilité inter- et intra-génotypiques au sein de P. infestans face à plusieurs bactéries qui provoquent une inhibition de croissance mycélienne entre 40% et 75%. En revanche, l’étude des effets antagonistes des bactéries sur la germination des sporanges n’a pas permis de mettre en évidence des différences singificatives de l’effet des souches bactériennes sur la germination des P. infestans. Cependant, elle a mis en évidence l’eftet de la formulation des traitements bactériens entre les isolats du pathogène. Cependant, les mais les taux de germination très faibles montrent la nécessité de revoir le protocole appliqué. Les expériences ont également mis en évidence trois souches bactériennes, appartenant à Bacillus subtillis, Pantoea sp. et Paenibacillus polymyxa, pour leur efficacité d’inhibition de la croissance mycélienne de P. infestans et leur intérêt dans la recherche de potentiels agents de biocontrôle. Ces résultats complètent les connaissances sur P. infestans et démontrent l’intérêt de poursuivre la compréhension des interactions entre microorganismes sur les différentes populations du pathogène afin de promouvoir une lutte phytosanitaire plus durable et écologique.