Étude de la diversité des espèces de Campylobacter dans les fientes de volailles en Wallonie et essais d’isolement de campylophages

Details

Supervisors

Mahillon, Jacques

Faculty

Faculté des bioingénieurs

Degree label

Master [120] : bioingénieur en sciences agronomiques, à finalité spécialisée

Abstract

Les maladies d'origine alimentaire provoquées par l'émergence de nouveaux pathogènes constituent un problème mondial pour les agences et organisations de santé publique, l'industrie alimentaire et les consommateurs. Actuellement, les bactéries du genre Campylobacter spp. font partie des principaux agents responsables de ces maladies. Elles causent la campylobactériose qui est la zoonose la plus reportée au monde depuis 2005. C'est une maladie diarrhéique, souvent bénigne, mais pouvant engendrer de sévères complications, voire la mort. Campylobacter étant commensale à une multitude d'animaux et surtout à la volaille, la transmission à l'humain se produit généralement lors de l'ingestion de viande de poulet crue ou pas assez cuite. Cependant, les autres types de viande, le lait cru et l'eau peuvent également présenter des risques d'infection. Ce sont les espèces C. jejuni (83%) et C. coli (11%) qui sont responsables de la majorité des infections chez l'humain. Suite à l'usage abusif des antibiotiques dans la filière vétérinaire et les élevages dans le passé, on assiste aujourd'hui à l'émergence de plus en plus de souches pathogènes présentant des résistances à ces substances. Dès lors, de nouvelles stratégies de biocontrôle doivent être mises en place dans les élevages avicoles. Une des alternatives présentant un regain d'intérêt depuis plusieurs années est l'utilisation de bactériophages. Dans ce contexte, le premier objectif de ce mémoire était l’isolement d’un phage de C. jejuni et/ou C. coli afin d’approfondir la connaissance scientifique de ces phages qui ont été peu étudiés jusqu’ici. À long terme, un tel phage pourrait trouver des applications dans les domaines de la phagothérapie ou du biocontrôle. Bien que certains « halos » troubles ont été observés sur certaines boîtes de Pétri, malheureusement aucun campylophage n’a été isolé au terme de ce mémoire. Plusieurs raisons expliquant ce résultat ont été discutées, comme le choix du matériel biologique utilisé (e.g. échantillons, souches bactériennes, contrôles) ou encore l’optimisation du protocole utilisé. Il est également possible que ces « halos » observés aient été le fruit de l’activité lytique de métabolites bactéricides produits par les bactéries présentes dans l’échantillon et non de celle de phages. Le second objectif était l’isolement de souches de Campylobacter à partir de fientes de poulets dans le but d’en isoler des phages. Au vu des résultats rapportés ci-dessus, cette recherche est devenue l’objectif principal de ce travail. Dès lors, 54 échantillons ont été prélevés dans 39 élevages avicoles wallons de types différents : poulets de chair BIO et non-BIO, poules pondeuses BIO, poules d’ornement, élevages particuliers de poules et canards et exploitation produisant du foie gras de canard. L’analyse de ces échantillons a permis la mise en évidence de certaines tendances concernant la prévalence de Campylobacter spp. au sein de ces différents élevages. De plus, cela a permis l’isolement de 68 souches C. jejuni et une C. coli. Un séquençage MLST a été effectué pour 17 de ces souches permettant ainsi de les comparer entre elles et de détecter la présence de gènes de résistance aux antibiotiques. Parallèlement, une évaluation de la méthode d’isolement utilisée est proposée. En effet, le dénombrement des espèces de Campylobacter thermotolérantes est une méthode spécifique assez peu documentée. Une comparaison entre les deux milieux spécifiques RAPID’Campylobacter et CampyFood ainsi que la de confirmation des colonies par différents tests, dont un test d’agglutination au latex, ont été réalisées et sont discutées. Enfin, la justesse d’identification des colonies par le système API Campy est aussi rapportée. Au terme de ce mémoire, ces trois domaines d’études mériteraient d’être approfondis afin d'appréhender au mieux les stratégies de contrôle à mettre en place contre Campylobacter spp. dans la chaîne de production alimentaire, de la ferme à l’assiette.